C'est le bâtiment d'élevage qui peut nuire à la maison d'habitation et non l'inverse bien sûr. La règle des 50 m s'applique dans les deux sens : aucun bâtiment d'élevage ne peut être construit à moins de 50 m d'une maison, puis lorsqu'il est construit, les maisons ne peuvent pas être approchées à moins de 50 m. C'est une question de salubrité publique vis à vis de la maison, donc cela relève de l'autorité administrative et en aucun cas vous ne pouvez argumenter que vous vous accommoderez de la proximité du bâtiment d'élevage.
D'ailleurs, si vous avez eu un CU (certificat d'urbanisme) positif, attestant seul que vous pouvez construire sur ce terrain, c'est une erreur de l'administration.
Si vous avez acheté ce terrain, au prix du constructible, et que vous ne parveniez pas à y placer une maison à plus de 50 m du bâtiment d'élevage, tentez un recours auprès du vendeur. Il me semble que ce soit la seule voie.
Bon courage
Tous les conseils pour éviter les écueils d'un projet de construction sont dans "faire construire sa maison sans risque" de Anna-Belle Marand-Ducreux, aux éditions puits fleuri. En vente en ligne et dans les librairies. Choix du terrain, des professionnels, fondations, garanties, CCMI,...